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dddc_redsnow 发表于 2006-9-20 23:45

药物设计软件应用系列之一

动力学系列之一（gromacs，重发）
发一下我的gromacs上手手册（我带人时用的，基本半天可以学会gromcas）
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# Process protein files step by step #
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pdb2gmx -f 2th_cap.pdb -o 2th_cap.gro -p 2th_cap.top -ignh -ter
nedit 2th_cap.top
editconf -f 2th_cap.gro -o 2th_cap_box.gro -d 1.5
genbox -cp 2th_cap_box.gro -cs -p 2th_cap.top -o 2th_cap_water.gro
make_ndx -f 2th_cap_water.gro -o 2th_cap.ndx
genpr -f 2th_cap_water.gro -n 2th_cap.ndx -o 2th_cap_All.itp
genpr -f 2th_cap_water.gro -n 2th_cap.ndx -o 2th_cap_M.itp
genpr -f 2th_cap_water.gro -n 2th_cap.ndx -o 2th_cap_C.itp
nedit Flavo.itp
grompp -f em.mdp -c 2th_cap_water.gro -p 2th_cap.top -o prepare.tpr
genion -s prepare.tpr -o 2th_cap_water_ion.gro -np 1 -pq 1
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# Minimize step by step #
# 1. minimization fixing whole protein #
# 2. minimization fixing maincharin of protein #
# 3. minimization fixing Ca of protein #
# 4. minimization without fix #
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grompp -np 4 -f em.mdp -c 2th_cap_water_ion.gro -p 2th_cap.top -o minimize_water.tpr
mpirun -np 4 mdrun -nice 0 -s minimize_water.tpr -o minimize_water.trr -c minimize_water.gro -e minimize_water.edr -g minimize_water.log &
grompp -np 4 -f em.mdp -c minimize_water.gro -p 2th_cap.top -o minimize_sidechain.tpr
mpirun -np 4 mdrun -nice 0 -s minimize_sidechain.tpr -o minimize_sidechain.trr -c minimize_sidechain.gro -e minimize_sidechain.edr -g minimize_sidechain.log &
grompp -np 4 -f em.mdp -c minimize_sidechain.gro -p 2th_cap.top -o minimize_sidechain_ex.tpr
mpirun -np 4 mdrun -nice 0 -s minimize_sidechain_ex.tpr -o minimize_sidechain_ex.trr -c minimize_sidechain_ex.gro -e minimize_sidechain_ex.edr minimize_sidechain_ex.log &
grompp -np 4 -f em.mdp -c minimize_sidechain_ex.gro -p 2th_cap.top -o minimize_all.tpr
mpirun -np 4 mdrun -nice 0 -s minimize_all.tpr -o minimize_all.trr -c minimize_all.gro -e minimize_allx.edr -g minimize_all.log&
editconf -f minimize_all.gro -o minimize_all.pdb
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# Raise temperature step by step #
# 1. raise from 0K to 100K fixing whole protein #
# 2. raise from 100K to 200K fixing whole protein #
# 3. raise from 200K to 300K fixing whole protein #
# 4. balance fixing maincharin of protein #
# 5. balance fixing Ca of protein #
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grompp -np 4 -f heat.mdp -c minimize_all.gro -p 2th_cap.top -o temperature100K.tpr
mpirun -np 4 mdrun -nice 0 -s temperature100K.tpr -o temperature100K.trr -c temperature100K.gro -e temperature100K.edr -g temperature100K.log &
grompp -np 4 -f heat.mdp -c temperature100K.gro -p 2th_cap.top -o temperature200K.tpr
mpirun -np 4 mdrun -nice 0 -s temperature200K.tpr -o temperature200K.trr -c temperature200K.gro -e temperature200K.edr -g temperature200K.log &
grompp -np 4 -f heat.mdp -c temperature200K.gro -p 2th_cap.top -o temperature300K.tpr
mpirun -np 4 mdrun -nice 0 -s temperature300K.tpr -o temperature300K.trr -c temperature300K.gro -e temperature300K.edr -g temperature300K.log &
g_energy -f temperature300K.edr -s temperature300K.tpr -o temperature300K.xvg
grompp -np 4 -f heat.mdp -c temperature300K.gro -p 2th_cap.top -o T300K_M.tpr
mpirun -np 4 mdrun -nice 0 -s T300K_M.tpr -o T300K_M.trr -c T300K_M.gro -e T300K_M.edr -g T300K_M.log &
grompp -np 4 -f heat.mdp -c T300K_M.gro -p 2th_cap.top -o T300K_Ca.tpr
mpirun -np 4 mdrun -nice 0 -s T300K_Ca.tpr -o T300K_Ca.trr -c T300K_Ca.gro -e T300K_Ca.edr -g T300K_Ca.log &
grompp -np 4 -f heat.mdp -c T300K_Ca.gro -p 2th_cap.top -o T300K_MD.tpr
mpirun -np 4 mdrun -nice 0 -s T300K_MD.tpr -o T300K_MD.trr -c T300K_MD.gro -e T300K_MD.edr -g T300K_MD.log &
至此，全部搞定，可以跑了

下期预告：UCSF-DOCK

xhlbudd 发表于 2006-9-21 01:07

虽然看不懂，还是顶一下哈！
支持原创，支持高技术含量帖呵呵

icewater 发表于 2006-9-28 23:25

哈哈，确实看不懂，隔行

dddc_redsnow 发表于 2006-9-29 22:55

呵呵,全部是unix命令

mary_wind 发表于 2006-10-3 11:05

不错阿，谢谢！

xhlbudd 发表于 2006-11-30 09:03

好帖子，顶起来！！

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