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syan 发表于 2006-9-24 11:00

序列分析－版主说有意义的跟帖会奖威望

DNA序列分析
测序在现在生物领域是很常用的技术了，可用来分析序列的软件很有限，希望各位高手能提供相关资源。
Sequencher 4.5是个比较好用的软件，可没有正版用于PC机的，序列分析后无法保存。正版sequencher现在主要用在Mac操作系统。使用方便性大大折扣。Sequencher在分析序列结构时就不行了。
下面连接是sequencher使用说明。软件很多网站上可下载。
[url]http://free.ys168.com/?myysharddisk[/url]

syan 发表于 2006-9-24 11:09

自己先跟个贴
DNAstra 是个很不错的序列分析软件，但我用的不多，很多功能不会用，有那位高手多多指教。
使用说明
[url]http://free.ys168.com/?myysharddisk[/url]

love_bobo 发表于 2006-9-24 13:42

[url]http://biosoft.im.ac.cn/dna.html[/url]
[url]http://biosoft.im.ac.cn/format.html[/url]
一些序列分析得相关软件
希望大家多多参与讨论

latitudes 发表于 2006-9-25 10:24

我在用Invitrogen的Vector NTI Advance 9（最新10.0版，偶有但没注册号，在ＩＮＶＩＴＲＯＧＥＮ公司网站有下），它的功能基本涵盖了常见软件的功能，是目前综合性能最全的分子生物工具

序列存贮、编辑、图谱显示
酶切位点显示
克隆设计
电泳条带分析
引物设计
序列比对
在线ＢＬＡＳＴ
根据基因号自动获取基因序列数据
...............

tony0828 发表于 2006-11-23 16:58

对于自动测序来说，原始数据的后处理目前还没有哪个软件能够替代Sequencher，用句俗话说，因为专业所以职业！当初ABI（P.E.的生命科学部）公司开发出世界上第一台四色莹光自动测序仪后，GeneCode公司为其踱身定制了Sequencher。这个软件的出现是自动测序数据分析的飞跃，连ABI自己开发的分析软件都无法与其抗衡。行业内，逐渐形成了，用ABI  的Collector获得数据，用Genecode的Sequencher分析处理的工作流程。Sequencher从一开始就就是专业为自动测序开发的，所以这个软件在载体序列自动删除，自动双向测序，stepwalking序列拼接，ORF翻译，启动子搜寻等诸方面功能强大。最初该软件是在Unix和Macintosh平台上开发的，而且窗口化的操作极其简单友好，同期的abi测序仪也都是由苹果机控制的。后来随着windows的出现，也开发了相应的windows 版本，但是无论在界面，窗口，操作等各方面均无法与Mac版本相比。我从1998年开始第一次使用sequencher3.0，当时的DNAsis还不是窗口化的，从此我知道了，原来实验是可以在计算机上完成的。发展到今天，sequencher已经成为了abi测序仪的标准软件，同时也是自动测序的软件标准。后来诞生的诸多相关软件都是按照sequencher的标准开发的，包括其中的功能也都是抄袭sequencher的。之所以这个软件不能被中国的广大生物学工作者所使用，一是因为其价格高，二是因为早期的软件运行在mac操作系统，三最重要的就是这个软件从一开始就是用软件狗作为加密方式很不容易被破解。但凡使用过正版全功能（Demo 版很多功能无法使用）的sequencher的人都会发现，在序列分析这个领域，sequencher以外的软件皆是垃圾。还是那句话，因为专业，所以职业。

twjjiang 发表于 2006-11-25 10:06

有没有破解版的sequencher

plaintree 发表于 2006-11-29 09:30

[size=4][color=red]Omiga 2.0 [/color] ---[color=blue]核酸与蛋白序列综合性分析软件[/color]

  实际上，大部分对核酸蛋白的序列分析功能，在Omiga 2.0中都能找到；而且界面非常友好。Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件，它还兼有引物设计的功能。主要功能：编辑、浏览、蛋白质或核酸序列，分析序列组成。用Clustal. W进行同源序列比较，发现同源区。实现了核酸序列与其互补链之间的转化，序列的拷贝、删除、粘贴、置换以及转化为RNA链，以不同的读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列。查找核酸限制性酶切位点、基元（Motif）及开放阅读框（ORF），设计并评估PCR、测序引物。查找蛋白质解蛋白位点（Proteolytic Sites）、基元、二级结构等。查寻结果可以以图谱及表格的显示，表格设有多种分类显示形式。利用Mange快捷键，用户可以向限制性内切酶、蛋白质或核酸基元、开放阅读框及蛋白位点等数据库中添加或移去某些信息。每一数据库中都设有多种查寻参数，可供选择使用。用户也可以添加、编辑或自定义某些查寻参数。可从MacVectorTM、Wisconsin PackageTM等数据库中输入或输出序列。另外，该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析，对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。[/size]

[color=red]中文说明书：[/color] [url=http://www.biox.cn/UpLoadFiles/Aaron/software%20explanation/Omiga.pdf]点击下载[/url]

grassroot 发表于 2006-11-29 16:01

序列分析有不同需求。不同序列分析软件可能在某些方面有不同的优势。
如果是序列比对，建议使用bioedit，功能强大，整合了clustw，结果直观便于操作，而且能一次比对超过100个序列。
如果是进化树分析，可以考虑使用phylip。

syan 发表于 2006-12-2 20:17

Omiga 2.0 ---核酸与蛋白序列综合性分析软件 哪里有软件下载

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