鸭绿江学术资源论坛 » 【药物化学】 » [专家坐堂]本期专家：dddc_redsnow （专长：药物设计，化学信息学和数据挖掘，欢

xhlbudd 发表于 2006-12-1 12:32

[专家坐堂]本期专家：dddc_redsnow （专长：药物设计，化学信息学和数据挖掘，欢

  [color=blue][size=4]专业版块的运作，离不开专业高手的支持，为了提高药物化学讨论区的讨论水平，更好地解决会员的疑难，我们准备举办几期专家坐堂栏目，回答会员的问题，我们这次请dddc_redsnow斑竹来开个头。dddc_redsnow目前就读于中科院某研究所，在CADD方面有着丰富的经验，已经以第一作者在PNAS，JACS，JCC，BMC等权威杂志发表过多篇文章，希望这次活动能给学习CADD或者对CADD感兴趣的朋友带来帮助，大家有问题可以直接回帖提出，不必另发主题贴。
专家介绍
论坛ID：dddc_redsnow
专长：药物设计，化学信息学和数据挖掘[/size][/color]
[size=4][color=blue]若在提问中，需要图片者，可参考
[url]http://forum.e2002.com/read.php?tid=115756[/url]
中的方法[/color][/size]
[size=4][color=chocolate][b]另外，请大家不要在此帖中讨论CADD以外的其他问题，这样可以保持该帖的整洁，便于其他站友查看和学习，敬请配合！（如有其他事务欲交流，可以通过论坛短信的方式）[/b] [/color][/size]

jackiespring 发表于 2006-12-1 21:59

抢沙发了噢,
正想找一个高手询问一下CADD事,我们学校有tripos公司的计算信息产品sybyl,相信dddc_redsnow版肯定很熟悉了,可是东西是有,没人愿意教,有师兄会,可当成宝贝不外传,导致软件利用率很低,所以想请问一下dddc版,这种化学软件应该怎么学,需要哪方面的资料,需要哪些知识.

dddc_redsnow 发表于 2006-12-1 22:17

[color=green]首先是Manual,这个sybyl讲的很详细了。如果对某一个模块感兴趣，可以专门搜这种方法的文章，这样的可以知道人家的详细步骤。知识分为算法和应用，如果是算法，需要从原始的数学看起。如果是应用只要多看Manual和人家的文章就可以了。参数和步骤一般都有[/color]

jackiespring 发表于 2006-12-1 22:23

Manual哪边可以下到,我现在边Manual都找不到,可能已经被人拿走了 [s:5]
对药化的而言sybyl哪些模块比较重要?
Surflex算一个吧,也是我最感兴趣的,我是做药化的,搞合成的,像我这样的一般也就是找到一个靶点,当然是数据库里已经有的那种,然后有一个先导物,下面就是想对先导物进行优化,然后根据模拟的结果再合成,像我这样的应该不需要研究算法吧,是不是看Manual和人家的文章就可以了. [s:3]

dddc_redsnow 发表于 2006-12-1 22:46

[color=green]surflex是一个比较好的模块, gasp, 3dqasr都不错。manual我手头暂时没有7.2，如果需要可以帮你找一下。直接看Manual和别人的文章，不用看算法[/color]

jackiespring 发表于 2006-12-2 00:15

非常感谢dddc_redsnow专家的用心解答,
下一个问题:这个问题可能有点外行,因为我自已还没用过sybyl,一个正常对接做下来大概需要多长时间,就是寻找一个化合物的最佳修饰方法,得到高活性的结构修饰物.我是指在最正常的情况下,您是专家,或许可以举一个例子.

dddc_redsnow 发表于 2006-12-2 22:02

[color=green]1.根据软件的不同,时间也不同.但是确认是否是正确的对接模式,还是需要一些知识的.
2. 高活性的化合物修饰主要还是用qsar的方法，不管是几维
3. JMC的文献要多看，里面有很好的例子[/color]

jackiespring 发表于 2006-12-3 16:13

sybyl是在linux系统上运行.我们要不要学习linux的操作语言. [s:3] 还是可以当成windows系统直接用.

dddc_redsnow 发表于 2006-12-3 16:45

[color=green]linux系统，最好能会一门高级语言，一门脚本语言，熟悉Linux内核当然更好了[/color]

tugg188 发表于 2006-12-4 23:06

请问dddc_redsnow版主：

我已用sybyl准备好了受体文件fxa.mol2,现要在autodock中将fxa.mol2文件转换成pdbqs格式的，在autodock里输入命令“mol2topdbqs fxa.mol2"

但却不能运行，如下图：
为什么，谢谢！！！

我想问：
1，是否要将macro.mol2文件放在autodock的某个目录下才能运行，比如放在autodock 或autogrid目录下
2，要运行命令mol2fftopdbq macro.mol2，是否要先运行autodock还是autogrid
要运行命令addsol macro.pdbq macro.pdbqs,是否要先运行addsol

[img]http://www.biolover.com/dvbbs/UploadFile/2006-11/200611250181472348.jpg[/img]

tugg188 发表于 2006-12-4 23:24

再问dddc_redsnow版主：

我在使用ADT制作“ grid parameter file.”文件时，按相关的教程（using autodock with adt,第18页）操作，当操作Grid----Writ GPF这步时，出现如下错误提示，请问这是为什么，谢谢！！！

应怎样操作呢！！！

[color=red]我把受体调出来了也没用，我试过了！！！[/color]

[img]http://www.biolover.com/dvbbs/UploadFile/2006-11/200611221112523729.jpg[/img]

dddc_redsnow 发表于 2006-12-5 11:45

[color=green]ADT我几乎不用，我只用命令行的autodock3形式，但是mol2topdbqs fxa.mol2是转化大分子的命令。小分子用deftors fxa.mol2[/color]

dddc_redsnow 发表于 2006-12-5 11:48

我在使用ADT制作“ grid parameter file.”文件时，按相关的教程（using autodock with adt,第18页）操作，当操作Grid----Writ GPF这步时，出现如下错误提示，请问这是为什么，谢谢！！！
应怎样操作呢！

[color=seagreen]这个问题如果是按照命令行来进行的话：mkgpf3 macro.pddqs small.pdbq[/color]

ERIC-design 发表于 2006-12-5 12:47

我非常想学习计算机辅助药物设计，一直找不到门道，需要注意补充哪方面的知识?怎样才能入门?请dddc_redsnow兄指点迷津！！

ERIC-design 发表于 2006-12-5 12:50

想问一个可能是题外的话，亲和色谱是分离蛋白的有效方法,但多数是采用抗体-抗原进行分离,研制的成本高.
采用人工合成的分子对目标蛋白进行特异性吸附也有见报道,那么,是否可以用对接的方法来辅助设计具有高亲和性,选择性的小分子呢.不知道与药物设计有否类似的思路，在此虚心请教设计思路,谢谢

dddc_redsnow 发表于 2006-12-6 13:12

我非常想学习计算机辅助药物设计，一直找不到门道，需要注意补充哪方面的知识?怎样才能入门?请dddc_redsnow兄指点迷津！！

[color=green]实际上cadd分三个级别：
第一个是软件应用，你可以多看手册,paper和书
第二个是开始涉足算法和数据挖掘，可以自己懂设计简单的算法和规律
第三个是融会贯通，熟悉算法，可以开创自己的算法，并且能深刻领悟到算法的优缺点

我觉得你可以从第一步做起，书有中文版的蒋华良和徐筱杰，英文更多了，比如化学信息学[/color]

dddc_redsnow 发表于 2006-12-6 13:17

想问一个可能是题外的话，亲和色谱是分离蛋白的有效方法,但多数是采用抗体-抗原进行分离,研制的成本高.
采用人工合成的分子对目标蛋白进行特异性吸附也有见报道,那么,是否可以用对接的方法来辅助设计具有高亲和性,选择性的小分子呢.不知道与药物设计有否类似的思路，在此虚心请教设计思路,谢谢


[color=green]这个是一个很有意思的问题。对接本身就是一个以选择性受体为目标的手段，当然这种选择型是相对的，和体系有关，有的体系选择性本来就很难，比如多巴胺和PTP1B。高亲和性和高选择性一直是药物设计领域的一个平衡问题，我个人的想法是先满足高亲和性，然后亲和性允许一定程度下降的范围内提高选择性。[/color]

ERIC-design 发表于 2006-12-7 12:46

[s:8]  [s:8] 多谢dddc_redsnow兄指导！！！受益匪浅！！
[s:8]  [s:8]

tugg188 发表于 2006-12-8 17:20

我已装好了autodock,并准备了受体文件和配体文件，问题是：

（1）在进行对接时，应把受体文件和配体文件放在哪个文件夹里面

（2）在哪个文件夹运行autodock程序，是不是要在放受体文件和配体文件的文件夹里面运行autodock程序

（3）autodock3,autogrid,autosol这样的程序是不是要分别运行。

比较菜，希望有详细的解答

谢谢！！！

另外：
有朋友说：“首先确定你的autodock的安装路径在命令搜寻路径当中，这样准备文件可以随意放在任何文件夹下。”

应该怎样“确定我的autodock的安装路径在命令搜寻路径当中”

我的autodock tool(ADT)安装在/home/tugg/adt/目录下

把autodock安装在/home/tugg/adt/autodock/目录下

这样行吗

dddc_redsnow 发表于 2006-12-19 18:09

看描述应该是在win下把，我以cygwin为例
(1) 在同一目录下，除非设好环境变量
(2) 设好PATH在哪个路径与性autodock程序都可以
(3) autosol->autogrid->autodock依次进行

aspect 发表于 2006-12-29 12:01

[quote][b]引用第15楼[i]dddc_redsnow[/i]于[i]2006-12-06 13:12[/i]发表的[/b]:
我非常想学习计算机辅助药物设计，一直找不到门道，需要注意补充哪方面的知识?怎样才能入门?请dddc_redsnow兄指点迷津！！

[color=green]实际上cadd分三个级别：
第一个是软件应用，你可以多看手册,paper和书
第二个是开始涉足算法和数据挖掘，可以自己懂设计简单的算法和规律
.......[/quote]



最经典的是什么书名啊？可否列出来啊？

aspect 发表于 2006-12-29 12:07

我合成了一个化合物，测试了酶活性，我的化合物抑制酶活性较好，在没有单晶数据的情况下，我想用对接的方法，来解释酶和抑制剂的作用机理，这种思路可否？我该用什么样的对接软件？有没有提供这种对接服务的单位啊？

dddc_redsnow 发表于 2006-12-30 12:22

RE  我非常想学习计算机辅助药物设计，一直找不到门道，需要注意补充哪方面的知识?怎样才能入门?请dddc_redsnow兄指点迷津！！



[color=limegreen]1. 补充什么我前面大概已经说了,主要是软件使用(如果你不打算深入并以此为职业的话)
2. 入门主要是多看文献和相关的书
3. 书中文的有以下几本
  a. 徐筱杰:计算机辅助药物设计
  b. 陈凯先: 计算机辅助药物设计[/color]

dddc_redsnow 发表于 2006-12-30 12:28

RE: 我合成了一个化合物，测试了酶活性，我的化合物抑制酶活性较好，在没有单晶数据的情况下，我想用对接的方法，来解释酶和抑制剂的作用机理，这种思路可否？我该用什么样的对接软件？有没有提供这种对接服务的单位啊？


[color=green]1.可行
2.如果你们单位没有商业软件的话，就用免费的软件，比如dock
3.可以和我联系，提供各种形式的合作：）[/color]

aspect 发表于 2006-12-30 12:59

对接软件，比如dock等软件？需要什么背景的知识能学会？是windows界面吗？需要什么电脑配置？对接的结果是什么形式啊？电子云密度图？键长键角都能得到吗？得到的结果大家公认吗？对接结果与事实有多少一致的几率？

aspect 发表于 2007-1-5 08:08

可否教我如何做标准的mol2文件？

dddc_redsnow 发表于 2007-1-8 16:42

给你了Msn没有加我吗

[对接软件，比如dock等软件？需要什么背景的知识能学会？是windows界面吗？需要什么电脑配置？对接的结果是什么形式啊？电子云密度图？键长键角都能得到吗？得到的结果大家公认吗？对接结果与事实有多少一致的几率]

[color=blue]Answer:
1.用法看Maunual，算法看数学，看你要到哪个等级了。
2.有window界面的(不过我很少用)，比如adt
3.电脑配置越高越好
4.打分形式
5.一般键长键角不变
6. case by case[/color]

dddc_redsnow 发表于 2007-1-8 16:47

[可否教我如何做标准的mol2文件？]

例子如下
[color=blue]
#  Name:      AN_989_40683875_multi_001
#  Creating user name:  ***
#  Creation time:    Thu Aug 21 12:06:37 2003

#  Modifying user name:  ***
#  Modification time:  Thu Aug 21 12:06:37 2003

@<TRIPOS>MOLECULE
AN_989_40683875_multi_001
  42   44    1    0    0
SMALL
FORMAL_CHARGES


@<TRIPOS>ATOM
    1 C1      34.1328  45.8290  72.5481 C.2     1 AN_989_40683875   0.0000
    2 N2      33.7809  44.7534  71.7798 N.am    1 AN_989_40683875   0.0000
    3 C3      33.6838  43.7377  73.8988 C.2     1 AN_989_40683875   0.0000
    4 C4      33.5297  43.6061  72.4508 C.2     1 AN_989_40683875   0.0000
    5 S5      34.1823  45.3851  74.2823 S.3     1 AN_989_40683875   0.0000
    6 C6      34.4963  50.4086  73.5351 C.ar    1 AN_989_40683875   0.0000
    7 C7      33.4933  42.7695  74.8042 C.2     1 AN_989_40683875   0.0000
    8 N8      34.4031  47.0158  72.1619 N.2     1 AN_989_40683875   0.0000
    9 C9      33.6834  42.9881  76.2900 C.ar    1 AN_989_40683875   0.0000
    10 C10      33.8078  51.7352  73.2808 C.2     1 AN_989_40683875   0.0000
    11 C11      34.2812  42.1404  78.4763 C.ar    1 AN_989_40683875   0.0000
    12 C12      34.0823  41.9267  77.1100 C.ar    1 AN_989_40683875   0.0000
    13 C13      34.1068  43.4126  79.0257 C.ar    1 AN_989_40683875   0.0000
    14 C14      33.4537  44.2484  76.8535 C.ar    1 AN_989_40683875   0.0000
    15 C15      33.7050  44.4786  78.2129 C.ar    1 AN_989_40683875   0.0000
    16 C16      35.4501  50.2353  74.5493 C.ar    1 AN_989_40683875   0.0000
    17 C17      34.1649  49.3148  72.7255 C.ar    1 AN_989_40683875   0.0000
    18 C18      34.7472  48.0622  72.9374 C.ar    1 AN_989_40683875   0.0000
    19 O19      33.2029  42.5424  71.9488 O.2     1 AN_989_40683875   0.0000
    20 O20      32.6861  51.7682  72.8353 O.co2    1 AN_989_40683875  -0.5000
    21 C21      33.6707  44.7850  70.3181 C.3     1 AN_989_40683875   0.0000
    22 C22      36.0538  48.9888  74.7424 C.ar    1 AN_989_40683875   0.0000
    23 BR23     34.3604  40.2342  76.4055 Br      1 AN_989_40683875   0.0000
    24 O24      34.4816  52.8977  73.5648 O.co2    1 AN_989_40683875  -0.5000
    25 C25      35.7085  47.9014  73.9373 C.ar    1 AN_989_40683875   0.0000
    26 CL26     35.9240  51.5522  75.6072 Cl      1 AN_989_40683875   0.0000
    27 O27      34.3378  43.6069  80.3898 O.3     1 AN_989_40683875   0.0000
    28 O28      33.5675  45.7462  78.7977 O.3     1 AN_989_40683875   0.0000
    29 C29      33.1585  46.8938  78.0359 C.3     1 AN_989_40683875   0.0000
    30 H30      33.1949  41.7788  74.4622 H      1 AN_989_40683875   0.0000
    31 H31      34.5760  41.3168  79.1180 H      1 AN_989_40683875   0.0000
    32 H32      33.0675  45.0350  76.2185 H      1 AN_989_40683875   0.0000
    33 H33      33.4459  49.4236  71.9206 H      1 AN_989_40683875   0.0000
    34 H34      34.6380  45.0369  69.8630 H      1 AN_989_40683875   0.0000
    35 H35      32.9010  45.5013  70.0010 H      1 AN_989_40683875   0.0000
    36 H36      33.3772  43.8110  69.8989 H      1 AN_989_40683875   0.0000
    37 H37      36.7961  48.8643  75.5240 H      1 AN_989_40683875   0.0000
    38 H38      36.1809  46.9358  74.0866 H      1 AN_989_40683875   0.0000
    39 H39      33.5577  43.4700  80.9175 H      1 AN_989_40683875   0.0000
    40 H40      33.8846  47.0305  77.2213 H      1 AN_989_40683875   0.0000
    41 H41      33.1607  47.8039  78.6547 H      1 AN_989_40683875   0.0000
    42 H42      32.1627  46.7370  77.5930 H      1 AN_989_40683875   0.0000
@<TRIPOS>BOND
    1   1   2 1   
    2   5   3 1   
    3   2   4 1   
    4   1   5 1   
    5  17   6 ar  
    6   3   7 2   
    7   8   1 2   
    8   7   9 1   
    9   6  10 1   
   10  12  11 ar  
   11   9  12 ar  
   12  15  13 ar  
   13   9  14 ar  
   14  14  15 ar  
   15  22  16 ar  
   16  18  17 ar  
   17  18   8 1   
   18   4  19 2   
   19  10  20 1   
   20   2  21 1   
   21  25  22 ar  
   22  12  23 1   
   23  10  24 1   
   24  18  25 ar  
   25  16  26 1   
   26  13  27 1   
   27  15  28 1   
   28  28  29 1   
   29   4   3 1   
   30   6  16 ar  
   31  11  13 ar  
   32   7  30 1   
   33  11  31 1   
   34  14  32 1   
   35  17  33 1   
   36  21  34 1   
   37  21  35 1   
   38  21  36 1   
   39  22  37 1   
   40  25  38 1   
   41  27  39 1   
   42  29  40 1   
   43  29  41 1   
   44  29  42 1   
@<TRIPOS>SUBSTRUCTURE
    1 AN_989_40683875    1 PERM          0 ****  ****   0 ROOT [/color]

aspect 发表于 2007-1-18 09:41

您可否给推荐几篇含锌酶dock的经典文章啊？
RMSD指什么啊？
您的autodock的教程文章出来了吗？
硝基在含锌酶里是否能与锌双齿配位？可否用计算的方法得到结论啊？

aspect 发表于 2007-1-18 09:56

mol2文件您是如何做出来的？我怎么用chemoffice做出的mol2文件，你们的TarFisDock,怎么不识别啊？

查看完整版本: [专家坐堂]本期专家：dddc_redsnow （专长：药物设计，化学信息学和数据挖掘，欢