[原创]同源模建
药物的靶标是生物大分子，当然有NMR和X-RAY最好，如果没有，就需要同源模建技术来构建蛋白。同源模建技术在90年代风靡一时，简单的模建在一些高档次的文章中独撑一面，2000年以来，随着技术的成熟和应用的广泛，这项技术逐渐成为一个基本工具出现在各种文献中。同源模建是一个根据模板蛋白将一级序列转成3D结构的技术总称，包括了threading和homology两种，当让后来发展的fugue啊，geneatlas等等都是以次为基础。在这两种中，又以后者重要（因为简单而且准确性高），在很多软件中都提供了相应的功能，做的最好的商业软件是INSIGHTii和 modeller（这个非常傻瓜，但是结果的可控制性不高）, 免费的有spdbvierwer和一些在线服务器.。如果买了这个软件的朋友一定首选insightII做，因为审稿人很偏爱这个；没有买的朋友最好的方法是找买了的单位合作（D版发文章会给你的导师和单位带来很多麻烦），如果找不到，只好用spdbviewer了，但是这样的结构最好不要发在纯计算的杂志上，被拒的危险很大。说了这么多废话，我这次主要介绍INSIGHTii的用法和一些使用细节：1. insightII
最强大的同源模建软件（前提是你看了所有的manual，理解了各种算法和参数的意义），可以进行各种模建和验证预测。主要分以下几个步骤：
a. input sequence，alignment（pariwise and multi alignment，主要是对类似结构要很好了解，manual的排列原则写的非常好，建议大家仔细看）
b. refine （我个人使用的笔记）
1. Check and correct potentials, partial charges, and hydrogens before submitting a Discover/CHARMm job.
① Builder from the Module pulldown
② For hydrogens, use the Hydrogen command in the Modify pulldown
③ Potential atom types and partial charges, use the commands in the Forcefield pulldown.
2. Check and correct steric overlaps
① Bump command from the Measure pulldown
② Relieve them by moving atoms with the Torsion command in the Transform pulldown.
3. Find unacceptable steric overlaps caused by one to three interactions or short bond lengths.
① Using the Geometry command in the Modify pulldown in the Builder module.
4. End Repair
5. Splice Repair
6. Energy Minimization
① Relax command provides for the selective minimization of sections of the model protein.
7. Molecular Dynamics
① Explore command in the Refine pulldown can accomplish this task.
同源模建技术给我们带来了更多选择和探索新领域的机会，但是有一点请大家注意，如果你的蛋白同源性不高，波动性过大，关键位点差异显著的话，要谨慎的选择同源模建，因为这样构造出来的蛋白很可能误导你后面的工作，因为往往同源模建在我们这里都是一个课题的第一步，决定了后面这个课题是否成功的关键 顶！多谢搂主，正需要这方面资料 楼主继续啊，有没有dock方面的资料？ 长见识了 [s:11]
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好东西大家要顶啊[tongue] [tongue] [tongue]
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