(转帖)讨论--新手请教关于蛋白质同源建模的问题
[color=limegreen]转自: DXY[/color]新手请教关于蛋白质同源建模的问题：
比对的序列相同性只有33％，存在2个10个氨基酸长度的misaligment区，用insightII 中的refine loop处理上述两个区域，得到一系列pdb文件，需要对每个文件都进行能量优化吗？对于长度为300aa的蛋白质，采用分子力场优化能量比较好呢？
试着用cvff力场对其中一个结构进行优化后，再用procheck检验结构合理性，R A M A C H A N D R A N P L O T的核心区氨基酸只有70％，G factor为-0.67；而没有处理misaligment区时，R A M A C H A N D R A N P L O T的核心区氨基酸为84％，G factor为-0.29，这是怎么回事？
谢谢！ 对于insightII处理后得到的一系列pdb文件，其中应该有比较合理的，选择最优的能量优化就可以了。当然，如果选择最优的能量优化后效果不佳，还需要再选择一个pdb文件，再次优化，看看效果。
一般，我用分子力学进行优化时，如果加的是极性氢，选择的力场是kollman，如果是全氢，选择的力场是amber7FF99。
优化时，应该遵循这样的程序：
固定重原子，分别用最陡下降法和共轭梯度法优化氢原子500步；再固定骨架，分别用最陡下降法和共轭梯度法优化氢原子1000步；再固定α－C原子，分别用最陡下降法和共轭梯度法优化氢原子1000步，就可以了。
另外，用prockeck检验时，ramachandranplot 图形不应该只看核心区域，允许区比较一下。另外，可以试试看其他的评测工具，比如whatcheck，verfy3D等。
当然，氨基酸很多时，最好还是作动力学优化。我看一些文献，即使构建gpcr，也是在一个服务器上提交了事，还能用来作下一步研究，怪事！
如果你想尝试用在线服务器构建蛋白或者在线评测蛋白准确性，可以看看下面的链接：
#########蛋白质三维结构预测################
MODWEB (MODELIRANJE)
[url]http://alto.compbio.ucsf.edu/modweb-cgi/main.cgi[/url]
SWISS-MODEL
[url]http://swissmodel.expasy.org/[/url]
ESyPred3D Web Server 1.0
[url]http://www.fundp.ac.be/sciences/biologie/urbm/bioinfo/esypred/[/url]
CPHmodels 2.0 Server
[url]http://www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/[/url]
TASSER-Lite
[url]http://cssb.biology.gatech.edu/skolnick/webservice/tasserlite/index.html[/url]
Pfam 20.0
[url]http://pfam.wustl.edu/[/url]
3D-JIGSAW
[url]http://www.bmm.icnet.uk/servers/3djigsaw/[/url]
PredictProtein
[url]http://www.predictprotein.org/[/url]
######### 蛋白质结构确证 ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃
Protein Structure Analysis and Validation (SAV)
[url]http://nihserver.mbi.ucla.edu/SAVS/[/url]
Verify3D Structure Evaluation Server
[url]http://nihserver.mbi.ucla.edu/Verify_3D/[/url] 请问一下，对于insightII处理后得到的一系列pdb文件，如何判断哪一个结构合理呢？还是从能量角度来看吗？ 我没有用过insightII，不知是不是软件可以给出一个优劣顺序?
如果可以，按照软件的评测结果就可以。
如果不行，只能依靠procheck等工具了 好的，谢谢wjmed 战友，我试试看看！ I2和modeller做同源模建,软件都会给一个PDF值,越小越好,所以你就要选PDF值小的就行了 受益匪浅!尤其是你提供的Protein Structure Analysis and Validation (SAV),帮了我大忙了.
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