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yaqin_6 发表于 2007-6-7 18:33

有人自建小分子库进行docking过么？

我想自己建一个20个化合物的小分子库来进行docking，已经用chemdraw和chem3D算了一下它们的能量最低构型，也找到了受体蛋白的晶体数据，但接下来我就不知怎么办了？特来此请教一下哦，望大虾指点迷津啦，谢谢

sln 发表于 2007-6-9 16:00

接下来就是作docking啦
用chemoffice的分子 最好用babel转存为mol2 sdf等格式

serenity 发表于 2007-7-7 18:40

chemdraw直接就能保存成mol格式

aspect 发表于 2007-7-8 07:06

[quote]引用第2楼serenity于2007-07-07 18:40发表的 :
chemdraw直接就能保存成mol格式[/quote]




chemdraw9.0直接就能保存成mol2格式

kl128 发表于 2007-8-10 17:26

保存成mol2格式后还是单个的分子，不是数据库文件，你可以用记事本打开，将其合并到一个文件中，然后用这个文件进行对接

hw9550 发表于 2007-10-11 17:19

楼上能说一下合并的时候需要注意什么细节吗？谢谢！

aspect 发表于 2007-10-13 10:40

现在发现chemdraw9.0直接就能保存成PDB格式

richbird 发表于 2008-5-10 12:33

lz，留个qq吧，本人药大研究生，有些问题请教。

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