鸭绿江学术资源论坛 » 【药物化学】 » 【药物设计】 » 如何调autodock参数使我配体中硝基中的两个氧与大分子中锌距离都在2-3埃之间？

aspect 发表于 2007-9-14 16:39

如何调autodock参数使我配体中硝基中的两个氧与大分子中锌距离都在2-3埃之间？

如何调autodock参数使我配体中硝基中的两个氧与大分子中锌距离都在2-3埃之间？
我现在做的配体中硝基中的两个氧与大分子中锌距离一个总小于1.7埃,另外一个距离总大于3.3埃,
不知道问题出在哪里?请大侠指教

jackiespring 发表于 2007-9-15 23:06

联系高手,帮你看看
[s:47]

kl128 发表于 2007-9-16 13:03

“两个氧与大分子中锌距离都在2-3埃之间”是有文献研究是这样还是你自己想做到这样的效果？详细讲一下你的方法，有时候由于结构的原因这一点可能做不到，你首先得让大家明白到底是实际上不行还是对接参数的问题。

顺便问一下,你的锌原子是直接与氧作用吗？很有能水分子也参与作用

sln 发表于 2007-9-17 21:50

AMBER can do it.

aspect 发表于 2007-9-18 08:08

[quote]引用第2楼kl128于2007-09-16 13:03发表的 :
“两个氧与大分子中锌距离都在2-3埃之间”是有文献研究是这样还是你自己想做到这样的效果？详细讲一下你的方法，有时候由于结构的原因这一点可能做不到，你首先得让大家明白到底是实际上不行还是对接参数的问题。

顺便问一下,你的锌原子是直接与氧作用吗？很有能水分子也参与作用[/quote]


您好，我的1个大分子里的锌与我合成小分子里的硝基的两个氧是bidentae fashion，其中“硝基里两个氧与大分子中锌距离都在2-3埃之间”是我另外1个大分子里的锌与我合成另外1个小分子里的硝基的
小分子XRD的结果.

我用autodock4.0就尝试锌的电荷的调节了,1.75-2.00,0.75-1.1这两个区间都尝试了,发现1个硝基氧与锌的距离始终在1.8埃以下 ,另一个在3.3埃以上

aspect 发表于 2007-9-18 08:11

[quote]引用第3楼sln于2007-09-17 21:50发表的 :
AMBER can do it.[/quote]

想知道这个软件是免费的?win界面?

kl128 发表于 2007-9-20 22:55

想知道这个软件是免费的?win界面?

不免费，400$左右, redhat9可以安装它，你的另外一个小分子在autodock中能做到这一点吗？如果行，说明你的参数没问题，如果做不到，可以考虑重新设定对接参数

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