基因芯片分析软件Array-Pro Analyzer
微阵列分析软件保证了快速、准确和可重复的结果IM09AC6L.gif (50.78 KB)
基因芯片分析软件Array-Pro Analyzer
2006-12-7 22:14
Array-Pro Analyzer 是早期微阵列和高效筛选研究工作必不可少的工具， 它引发了基因组、蛋白质组学、药物发现以及生物信息学的革命。
Array-Pro Analyzer 概述
Array-Pro Analyzer 为斑点标识的自动化设置了一个新标准。 已获专利的网格覆盖图 定义了感兴趣斑点， 它充分利用了斑点位置的内在周期性，便于不同的用户获得一致的实验结果。
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基因芯片分析软件Array-Pro Analyzer
2006-12-7 22:17
自动和可重复的结果
快速分析
一般典型地，对于成百上千的斑点， 科学家可能要花费数天的时间才能够手动定义出网格、子网格及斑点的位置。而使用 Array-Pro Analyzer，仅需数秒便可完成此项繁重的工作。
提取有价值的数据
在微阵列分析应用至基因表达，其最大的问题之一在于：在大量背景噪声存在的情况下（交叉杂交、光学效应、灰质等），它仅能够提取到少量的信号变化信息。科学家们已发现，成簇表型疾病基因往往趋向于在这些低水平的信号中出现表达。使用 Array-Pro Analyzer，用户便能够通过调整背景方法中的多个控制参数和选择来优化信号/噪音。
便利的分析向导
分析向导可帮助用户通过网格、子网格以及斑点来查找参数，以建立各种类型的排列图像方法。一旦将这些参数作为实验类型而存储后，就能够不受用户的干扰而进行后续分析。对于重复性而言，这就是关键。
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基因芯片分析软件Array-Pro Analyzer
2006-12-7 22:19
Array-Pro 方法设置向导
统计反馈
Array-Pro Analyzer 提供了多种统计用户反馈的途径，以便获得高质量的数据和实验结果。用户能够基于标准、控制以及重复来对信号和背景进行精确的校准。
高级分析
Array-Pro Analyzer 能够与 Applied Maths 的 GeneMaths 无缝连接， Applied Maths 是 Media Cybernetics 公司的分销合作伙伴之一。 Array-Pro 中的各种基因表达实验信息可通过簇群分析、自建图谱以及主组份分析等而立即用于 GeneMath中， 以进行统计处理。
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基因芯片分析软件Array-Pro Analyzer
2006-12-7 22:20
Array-Pro Analyzer 与 GeneMaths 无缝连接
可编程性
Array-Pro Analyzer 允许用户创建定制版本，以进行高密度阵列成像进行分析。用户可使用内置的 Auto-Pro 编程语言（Visual Basic 或 Visual C++ ）来扩展和定制 Array-Pro。用户可创建宏来简化重复操作或满足更复杂的需要（如定制用户界面、数据分析以及报告等）。
Array-Pro Analyzer 功能/益处
自动化和可复现的结果
使网格、子网格以及斑点的查找自动化， 消除了冗长的斑点模板分配
使网格、子网格以及斑点的对齐自动化
逐像素交叉相关性方法可分割信号、背景以及人工像素种群
按图像或子网格对黄土最佳拟合、信号控制细胞或所有细胞的使用标准化。
通过斑点形状的形态校准改进了候选斑点的查找（适用于行的决定）
用于各斑点可变细胞边界定义的选项
对斑点分级，以获得重复分析
通过比率测量支持基于时间的实验及通过用户文件支持时间输入
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基因芯片分析软件Array-Pro Analyzer
2006-12-7 22:23
自动化和可复现的结果
特征化数据
对斑点进行分组， 以作为拒绝控制、忽略 （劣质斑点）、信号控制（管家基因） 及其它用户定义的标准
几百个特征化和去除背景噪音的技术， 包括全局图像或参考斑点 （零级、双线性、双二次、双三次多项式拟合） 、局部周长或局部角落（具有偏移量、宽度、侵蚀、滤镜控制）等
各斑点或斑点组的用户可选择数据：平均值、中间值、最小值、最大值、范围、汇总、标准偏差、比率（如果将两幅组成了一组，则如同基因表面的情况一样）
自动将图像名称分配给标签和组
根据用户定义的标准， 使细胞组的种群自动化。
数字和图形反馈
显示交互式的图形和数据表，包括直方图和点状图
显示多个点状图和直方图，以便同时查看多个变量
用数据图形跨多个图像设置来显示单独的测量。可跨实验查看时间系列实验或其它变量
显示单独的细胞直方图（具有统计指示器）和图形化地调整阈值
使用不规则的 AOI 来选择点状图上的细胞
指定点状图、直方图和数据图表的轴值。
重命名表中测量的名称及隐藏或重新排列列的选项
交互式细胞窗口显示了图像组（如Cy3 、C5 、比率 ）中各斑点的细节信息
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基因芯片分析软件Array-Pro Analyzer
2006-12-7 22:24
各种各样的数据显示窗口
测量和处理工具
按平均值、中间值、参考斑点等的标准化
强度和空间校准
实验的定义、存储和调用（具有相关的图像和信息）
像素分割和信号计算的统计控制
众多的形态测量工具
可构建几乎任何一种定制测量的公式编辑器。
在实验内存储布局和测量的选项。
自动着色图像的选项
动态链接至 GeneMaths 2.0， 以致于在 GeneMaths 中能够交互式地显示 Array-Pro 中的更新
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