鸭绿江学术资源论坛 » 【基础医学】 » 请教，为什么这样设计引物？

tianjiaoya 发表于 2007-11-10 14:42

请教，为什么这样设计引物？

原始序列：1 atgattcact acgcttgcct cattatcgca
... ...
... ...
1501 ttcccgaaga agtacttcaa acgatcgtcg taa
引物1：5'-CCGGAATTCAA  ATGATACACTACGCTTGCCT-3'
从我断开的地方往后与原始序列1后面的是一样的，但是原始序列是ATGATT，而引物却设计成ATGATA， 为什么要把最后这个T改成A呢？这样一来最后扩增出来的片断不就也跟着改变了吗？

[[i] 本帖最后由 ted_sun 于 2008-7-27 22:32 编辑 [/i]]

saturn100 发表于 2007-11-10 14:52

[s:103] 兄弟我怀疑你的序列写错了
原始序列ATGATTCACT ACGCTTGCCT
引物序列ATGATACAC TACGCTTGCCT

至于CCGGAATTCA  A我猜测是一个酶切位点及他的保护碱基

zxh0427 发表于 2007-11-10 16:47

学习一下，引物还没有自己设计过。上面的序列我怀疑有点差错，请贴主查证一下，然后让 saturn100再给分析一下
[s:94]

grassroot 发表于 2007-11-10 17:52

GAATTC是ECOR I的酶切位点，
所以引物应该是在EcoR I 酶切位点前加了三个保护碱基：CCG

该酶切位点之后有ATG，为起始密码子。起始密码子之前的AA应该是为了避免二级结构、回文结构等设计。原始序列5端之前应该还有AA等序列。

所以推测，这是一个用于表达的序列，该引物为上游引物

grassroot 发表于 2007-11-10 17:57

至于为什么原始序列的ATG后为ATT,而引物ATG后为ATA
是因为ATT、ATA都编码异亮氨酸，所以序列改变根本不影响氨基酸序列、而且可能更利于扩增的缘故

grassroot 发表于 2007-11-10 18:06

当然也有可能ATT用ATA代替，是研究者考虑到了人类和宿主菌当中表达时密码子的偏向问题，有可能ATA对于用于表达的宿主菌来说更容易表达异亮氨酸。分子生物学当中是的确存在密码子偏向问题的，但这里是不是因为这个原因，只是猜测。

saturn100 发表于 2007-11-10 18:09

[s:94] 呵呵，楼上的兄弟专业知识好强呀，不知道有没有兴趣申请专家或是加入鸭鸭的管理队伍中来，鸭鸭在转型期需要这种专业人士的支持哈哈

grassroot 发表于 2007-11-11 00:30

tianjiaoya，您修改之后的问题，已经在第4楼和第5楼回复您。

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