ｄｏｃｋ中的配体小分子文件大家是怎么做出来的啊？谢谢～
我正在运行ｄｏｃｋ，其中的配体小分子是我自己设计出来的，现在我本来是先用ｃｈｅｍｄｒａｗ画出结构式，然后用ｃｈｅｍ３Ｄ优化结构，计算能量最低的构像保存为ｍｏｌ２文件。但好像这个方法不行，ｄｏｃｋ的结果很不理想，打分的结果大多数都是零，只有一个是负值。想请教一下，大家都是用什么软件来准备配体文件的啊？谢谢～ 我觉得做mol2最好的还是用sybyl，chemoffice好像兼容性不太好 用sybyl或者insightII吧？ UCSF DOCK做docking,因为用AMBER力场，小分子加AM1-BCC电荷最佳，可以用CHIMERA加这个电荷，或者别的。[url]http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html#production[/url]
这个也是不错,这个做DOCK用的：
[url]http://zinc.docking.org/upload.shtml[/url]
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