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bangqing6 发表于 2008-3-10 21:33

怎样在ＰＤＢ数据库中搜寻相同活性位点的蛋白质？

如果我知道一个蛋白质的活性位点，如果我想知道有没有其他相同的蛋白质，怎样利用这些残基和周围的结构，怎样在建模，又怎样在ＰＤＢ中搜索，然后计算RMSD比较呢？

pengyao0616 发表于 2008-3-12 00:09

应该是用blast进行蛋白比较分析吧

bangqing6 发表于 2008-3-12 16:31

好像是不是建立模块啊

sln 发表于 2008-3-14 21:38

这个问题如果解决了 好像大部分蛋白质折叠的问题就解决了，我也想知道怎么解决。

sln 发表于 2008-3-20 12:31

我去检索了一下 这个问题很有意思 有人做过：
1）
[url]http://www.uni-marburg.de/fb12/datenbionik/pdf/pubs/2004/kupas04icba[/url]
2）
[url]http://www.proteinscience.org/cgi/reprint/3/5/769.pdf[/url]
我想这些文章有些思考

bangqing6 发表于 2008-3-20 15:45

谢谢sin
据说先构建3D模块，然后再用Perl语言进行收搜，请问有人做过类似的工作吗？

rantingjing 发表于 2008-3-28 21:13

谢谢

[biggrin] [biggrin] [biggrin]

tuguoying 发表于 2008-4-27 22:34

关于sybyl中的对接模块FlexX

请大侠帮忙
我再用sybyl7.3的FlexX做对接时，提交作业后弹出两个对话框：
一个写的如下
FlexX was unable to create the active site file and/or theprotein
single_site.pdb
single_protein.pdb
另一个写的如下
Requested Cscore related files could not be built

而在testport中显示的提示是
Preparing CScore related files...
/bin/bash: csh: command not found

请问一下这是什么原因造成的？怎么修改？？？

jolin31911 发表于 2008-6-7 13:22

可以用 expasy 的 swiss model 就可以找出類似的蛋白

tuna 发表于 2008-6-9 12:59

目前创腾的ds软件和insightII可以

bangqing6 发表于 2008-6-10 15:13

谢谢 啊 现在有人开发了一些算法 我觉得这篇文章很有意思 可以看看

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