药物分子设计，请大家积极讨论！
想请教下各位大虾，在实验过程中 在母核已经确定的情况下 连接集团是怎么设计的呢 有规律吗 谢谢了[[i] 本帖最后由 gcliao 于 2008-4-2 19:24 编辑 [/i]] 这个问的好广泛啊，推荐你看一看《创新药物化学》这本书，里面对药物分子设计设计方面讲的很详细，这么书论坛上有的。
一般常用的方法有生物电子等排原理，拼合原理，官能团转换，环结构变换等等，有很多的。 哥哥啊，大四的时候你的药物设计学的比我好啊！！！[sad]
感觉药物设计真的有点艺术创造的味道（当然不是唯美主义了），利用同样的规则不同的人设计的结构可能完全不同啊。 拼合原理，存在很多问题，
已经过时，[biggrin]
[[i] 本帖最后由 kl128 于 2008-4-2 12:19 编辑 [/i]] 想问一下拼合原理主要有些什么问题呢？ [quote]原帖由 [i]regal[/i] 于 2008-3-30 23:35 发表 [url=http://forum.e2002.com/redirect.php?goto=findpost&pid=1317874&ptid=238273][img]http://forum.e2002.com/images/common/back.gif[/img][/url]
想请教下各位大虾，在实验过程中 在母核已经确定的情况下 连接集团是怎么设计的呢 有规律吗 谢谢了 [/quote]
[color=Red][size=4][size=6][b][size=5]欢迎大家积极讨论药物分子在母核确定下，如何选择连接集团；另外靶点蛋白确定的情况下，如何确定母核！这是药物化学的精髓，也是药物化学工作者的创造力和艺术性的集中表现！
本斑竹将对积极回帖，不管是经典药物设计的方法，还是合理药物设计的方法，尤其是自己论文的设计方法与经验，都会给予丰厚的奖励！[/size][/b][/size][/size][/color]
[[i] 本帖最后由 gcliao 于 2008-4-2 18:54 编辑 [/i]] 我先回答一下regal兄弟的问题，选择连接基团要注意的几个问题：
1。构建模块的合成难易程度，最好能直接购买
2。与连接的方式，如果是碳碳键连接，合成难度较大；最好是酰胺或脂键，碳氮键也很不错
3。如果是通过把几个构建模块通过成环来合成目标化合物，要考虑合成通法的通用性
总之，第一轮你要尽快的拿到化合物，作生物活性评价来验证你的设计思想是否与实际相符合，好的话继续进行下一轮化合物的设计，不好的话及时调整设计思想。 这是我的一位师兄给我讲过的一些东西，拿出来与大家共享：我们做新化合物，大多会查阅与该课题相关的文献，看别人是怎么做的，在别人工作的基础上可以确定大致的构效关系，这可以作为我们设计化合物的参考，但不能作为绝对的规则，因为别人的工作不可能面面俱到，总会有他想不到的地方，所以拼接的侧链应尽可能的丰富，这样才能找到新的突破点。 [quote]原帖由 [i]我爱合成[/i] 于 2008-4-2 23:07 发表 [url=http://forum.e2002.com/redirect.php?goto=findpost&pid=1322670&ptid=238273][img]http://forum.e2002.com/images/common/back.gif[/img][/url]
这是我的一位师兄给我讲过的一些东西，拿出来与大家共享：我们做新化合物，大多会查阅与该课题相关的文献，看别人是怎么做的，在别人工作的基础上可以确定大致的构效关系，这可以作为我们设计化合物的参考，但不能作 ... [/quote]
兄弟说出了目前我国的药物化学研究的现状呀，有同感！[victory] [victory] 发现 《药物化学进展》这册书，对于这个问题讲得比较透彻，而且都是比较新的文献综述。希望看看有用，主编：彭司勋，副主编：赵守训，廖清江，尤启冬 我比较推崇CADD，尤其是知道受体的具体结构的情况下，完全可以用CADD的方法先设计分子，然后对其评价，然后合成。
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问下兄弟,《药物化学进展》这册书有没有下载链接啊,最近正在找 8#的兄弟,你说的情况大家都知道也想做,但是现在有没有哪个单位能花那么长时间那么多金钱做一个全新的药物啊!!!能知道大家都做些什么阶段的工作吗?
回复 13# 的帖子
呵呵，我说的其实就是Me-Too，这是做全新药物较好的一个方法，不用花大力气去找新的先导物，比如雷尼替丁，疗效比西咪替丁好的多，还有沙星类的抗菌药等等，好多例子。 不明白, 楼主所说母核是否为药效团.药物分子设计
本人在企业做了几年的药化的工作，特别希望在这边能和大家交流交流在企业和在研究单位的工作内容或者说重心有点不一样，企业的目的就是开发，如果一个课题在一两年之内没有上可以开发阶段的化合物，这个课题基本上会被cut掉，目前国内的现状也只有做一些Me-Too，但这种要求的Me-Too也并不是简单的改改母环或取代基什麽的，一个化合物成为一个药并不是没有理由的，母环是它最先确定的东西，几年经验下来个人觉得想要上市最好不要较大的改动它的母环结构，信息很重要，最先做的是熟读它的专利以及其他SAR文献，了解了一个药的历程以后，考虑怎么在其专利保护之外想想法子，不要怕合成的难度，Me-Too本来就是在人家的基础上做的东西，人脑有限，idea有限，我们国家的优势在合成，只要理论上能说得通，在你做之前想想可能会发生的情况，自己需要达到的目标，譬如活性能提高，药代能改善阿之类的，然后筛选一定要跟上，做药是一个各学科的综合，缺了谁都做不成事 我是做CADD的，有兴趣的一起交流阿
药物分子设计
做药化的有时会发现,自己合成了一系列的化合物,进行活性筛选,归纳总结构效关系规律性并不强,这可能与生命体自身的复杂性有关,药物与酶、受体作用的多种多样有关，并不是简单的线形关系，或用一个方程式就能解决的。做CADD也一样，开始可以根据酶受体来设计化合物，但是还需要利用通过实验得到的构效关系来纠正和完善设计的不足，相互补充才行，什么都不是绝对的。据说上海药物所的蒋华良2003年利用计算机高通量虚拟筛选筛选出了800多种活性化合物。对目标化合物的筛选，其成功率最高曾达到50%（国际上30%左右的平均成功率），可见计算机辅助设计的发展现状。页:
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