怎样在SYBYL7.3中做FlexX?具体是怎么操作的啊？(页 1) - 计算机辅助药物设计专版 - 医学论坛|医药招商|药学论坛 - 鸭绿江医药论坛

liaosy 发表于 2008-4-8 15:37

怎样在SYBYL7.3中做FlexX?具体是怎么操作的啊？

0342402 发表于 2008-4-8 21:50

TOOLS菜单下选择DOCKING SUIT，然后在子菜单下选第一个DOCKING LIGAND(好像是这个，但是我敢肯定是第一个)，然后在对话框最上面的那个框子中选 FlexX single receptor，然后在下面的框子里选择相应的SITE文件，ligand文件，点上CSore，然后给这个DOCKING起个名字，然后点OK就运行了。

有不明白的再发帖哦

liaosy 发表于 2008-4-17 09:47

FlexX 对接中的配体与受体原子之间相距多少能形成氢键？如何把它标出来啊？

0342402 发表于 2008-4-17 20:24

具体的氢键距离你要查下软件说明书，而且好像是可以改的，我一直用的是默认。标记的话，在左边的那个眼睛图标里面有个按钮，叫氢。。。，然后点进去就有能显示氢键的按钮了

tuguoying 发表于 2008-4-19 10:06

回复 4# 的帖子

有没有FlexX的教程？

liaosy 发表于 2008-4-19 16:55

回复 5# 的帖子

我没有FlexX的教程

sln 发表于 2008-4-21 10:44

SYBYL里，自带教程

tuguoying 发表于 2008-4-27 22:19

回复 1# liaosy 的帖子

看指南里都有
[url]http://graphics.med.yale.edu:5080/TriposBookshelf/sybyl/qrg/tut_list.html[/url]

tuguoying 发表于 2008-4-27 22:43

关于sybyl中的对接模块FlexX

请大侠帮忙
我再用sybyl7.3的FlexX做对接时，提交作业后弹出两个对话框：
一个写的如下
FlexX was unable to create the active site file and/or theprotein
single_site.pdb
single_protein.pdb
另一个写的如下
Requested Cscore related files could not be built

而在testport中显示的提示是
Preparing CScore related files...
/bin/bash: csh: command not found

请问一下这是什么原因造成的？怎么修改？？？

pengyao0616 发表于 2008-5-12 23:27

看样子似乎是shell的问题啊，你用的是csh？

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