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请教3D-QSAR分子叠合的问题

本主题由 pengyao0616 于 2008-7-17 12:46 设置高亮
ky96998

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1# 大 中 小 发表于 2007-12-12 01:11  只看该作者

请教3D-QSAR分子叠合的问题

  用surflexx分子对接的方法对样本进行叠合来获得分子的构象，样本的对接结果和晶体结构中配体的构象很相似，而且将对接的分子构象全部导出，叠合的很好。但是做活性和对接打分的相关性分析，相关性几乎为零，在COMFA中交叉验证的q2值为-0.487，为什么对接的很好，而q2值反而很差呢，相关性也很差呢？是不是对接方法不妥？这种情况该怎么解决呢？

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kl128

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2# 大 中 小 发表于 2007-12-13 18:56  只看该作者
你的活性数据是体内还是体外的？ 酶 or 受体？
1+1=?

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ky96998

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3# 大 中 小 发表于 2007-12-14 17:10  只看该作者
活性数据是体外数据

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sln

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4# 大 中 小 发表于 2008-1-29 11:39  只看该作者
很多的打分函数只是挑构象，而不是与活性相关

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janelhf

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5# 大 中 小 发表于 2008-3-18 08:53  只看该作者
可以再重新挑选一下化合物，活性数据和结构都要有一次的梯度和差异

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hw9550

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6# 大 中 小 发表于 2008-3-24 08:14  只看该作者
活性数据的可靠性怎么样呢

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rantingjing

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7# 大 中 小 发表于 2008-3-28 21:11  只看该作者

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pengyao0616

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8# 大 中 小 发表于 2008-3-29 00:59  只看该作者
我觉得这很有可能是因为分子柔性比较大，所以叠合不好，虽然对接结果不错，但是q2不高

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杞实很简单

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9# 大 中 小 发表于 2008-5-8 12:49  只看该作者
请问，有没有具体的分子叠合的讲解。比如分子叠合的指南。
我总觉得我的分子叠合有问题，从等势图的颜色分布很没有规律可以推测叠合有问题。

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