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未知基因的序列分析

tiny1979

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1# 大 中 小 发表于 2007-12-22 16:25  只看该作者

未知基因的序列分析

各位，我是新手。现有一未知基因序列连至T载体，测序回来后不知如何分析，请高手们指点！是否先看T载体序列在测序结果的位置，然后把剩下的序列进行blast，再进行同源性对比分析？另T载体序列如何查找？我克隆的是花卉的基因，blast时与什么物种进行序列对比？急求指点！谢谢！

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saturn100

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2# 大 中 小 发表于 2007-12-22 22:16  只看该作者
[s:94] 你用的是Takara的PMD18-T吗，如果是的话，可以先用bioedit之类的软件先找到T载体的序列，应该是gagatt或是cgatt具体的可以看一下载体的说明书，然后去掉载体序列剩下的就是你的目的片断了可以继续进行blast分析
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3# 大 中 小 发表于 2007-12-22 22:21  只看该作者
恩，分析的时候尽量选和你的那个材料物种最接近的吧
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lingweiz

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4# 大 中 小 发表于 2007-12-23 11:54  只看该作者
太高深了..........不懂
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tiny1979

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5# 大 中 小 发表于 2007-12-23 17:15  只看该作者
谢谢各位的指点！
引用:
引用第1楼saturn100于2007-12-22 22:16发表的 :
[s:94] 你用的是Takara的PMD18-T吗，如果是的话，可以先用bioedit之类的软件先找到T载体的序列，应该是gagatt或是cgatt具体的可以看一下载体的说明书，然后去掉载体序列剩下的就是你的目的片断了可以继续进行blast分析
我是用T载体，一般用DNAstar可以吗？但是请问T载体的序列如何找？我还是不大明白。用bioedit能搜索或下载T载体序列，还是对着说明书手动把序列输入软件？请求高手们的详细解答。谢谢

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6# 大 中 小 发表于 2007-12-24 17:17  只看该作者
[s:94] 用DNA star也可以的，对着说明书手动把序列输入软件就可以 ，去掉载体序列剩下的就是你的目的片段了
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7# 大 中 小 发表于 2007-12-24 17:51  只看该作者
是否输入从测序用的引物序列至目的片段两端酶切位点的序列

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8# 大 中 小 发表于 2007-12-24 21:27  只看该作者
应该要输入的，
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9# 大 中 小 发表于 2007-12-25 11:22  只看该作者
谢谢saturn100的帮助！ 另外，bioedit有画质粒图的功能是不？您能否告知简单的操作步骤？我是新手，什么都好奇，但是什么都还不会,多谢了！

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saturn100

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10# 大 中 小 发表于 2007-12-25 12:30  只看该作者
恩，这个我到没有用过，你可以试一下
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xiaomai

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11# 大 中 小 发表于 2007-12-25 13:26  只看该作者
T载体的序列在公司网站上可以下载
测序通常有固定的引物，在网站上也可以查到
从引物处查找到T-A连接点，都是T载体的序列，剩下的才是你的目的片段序列

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tiny1979

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12# 大 中 小 发表于 2007-12-25 15:38  只看该作者
噢 明白了，谢谢xiaomai和saturn100的热心帮助！

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