支持p版，分子对接（集锦）
分子对接（DOCK）：数据库中的化合物与受体的活性部位对接，获得静电力、立体因素匹配的复合物,受体可以是实验数据也可以是模建的受体。DOCK和AUTODOCK都是有名的分子对接软件，AUTODOCK有UNIX版和LINUX版，下面是我从网上找到的编译方法。我编译成功之后才发现，居然没有图形界面。真是大倒胃口。
但是必须承认，AUTODOCK的思想是很先进的。
分子对接（DOCK）：数据库中的化合物与受体的活性部位对接，获得静电力、立体因素匹配的复合物,受体可以是实验数据也可以是模建的受体。DOCK和AUTODOCK都是有名的分子对接软件，AUTODOCK有UNIX版和LINUX版，下面是我从网上找到的编译方法。我编译成功之后才发现，居然没有图形界面。真是大倒胃口。
但是必须承认，AUTODOCK的思想是很先进的。
以下是AUTODOCK的操作演示：
去PDB下载一个ID为1wab的蛋白质.就以它为例,因为它里面自己带了一个配体,我们可以试着把配体去除,再AUTODOCK上去.
1.受体的准备
去水和配体:
biopolymer>>read
pdb1wab.ent
不要CENTER蛋白,可以拉到中央.
EDIT>>DELETE>>ATOM...SET选WATER.删除所有的水.
EDIT>>DELETE>>ATOM...SUBSTRUCTURES,选择会出现氨基酸的框,往下拉到底,就是ACT300,这是配体,选中将其DELETE.
加氢:
BIOPOLYER>>ADD HYDROGEN ...ALL...ESSENTIAL ONLY
加电荷:
BIOPOLYMER>>LOAD CHARGES>>kollman_all或KILLMAN_UNI都行.
对氢的位置优化(这一步也可不做,当然最好做一下,理论上说对接的结果更好):
Compute >>Minimize
Method: Powell
Initial Optimization : None
Termination: Gradient 0.01 kcal/mol
Max Iterations: 1000
Energy Setup Modify...
Force Field: Tripos
Charges: Use Current
Check the Aggregates Box and Click on the elipsis ... (A dialog appears)
Click on New (An Atom Expression Box appears)
Click on Atom Types and select H on the right. Click OK.
Click in Invert in the Atom Expression Box, then Click on OK.
Call the aggregate NON_HYD. Click OK
Comment String "Non-hydrogen atoms", Click OK
Click OK 开始优化.
完成后,FILE>>SAVE AS
1wab.mol2
2.配体的准备
打开SYBYL.
biopolymer>>read
pdb1wab.ent
不要CENTER蛋白,可以拉到中央.也可以点SYBYL左下角的图标，RESET EXTENDS。可以不用手动来找了。
EDIT>>DELETE>>ATOM...SET选WATER.删除所有的水.
EDIT>>DELETE>>ATOM...SUBSTRUCTURES,选择会出现氨基酸的框,往下拉到底,就是ACT300,这是配体,
OK后对话框上有一个INVERSE.,选中它,就会把除配体以外的氨基酸选中,删除所有的氨基酸,这个配体实际上就是CH3COOH.
加氢:
EDIT>>ADD HYDROGEN.
加电荷:
COMPUTE>>CHARGE>>Geister Huckel电荷.
FILE>>save as ...lig.mol2
接下来,就是AUTODOCK里面的工作了.(autodock3.05版)
把受体转为PDBQ和PDBQS格式:
mol2topdbqs 1wab.mol2
查一下,会出现1wab.pdbq和1wab.pdbqs两个新文件.
把配体转为PDBQ格式,并定义可旋转键:
我现在用的配体就是CH3COOH,很简单的格式.
deftors lig.mol2
会出现选择
选a: add a root
选择5(实际上就是一个C原子,我这个配体结构异常简单,只要任选一个非氢的原子都可以,我试过,选氢后下一步mkdpf3时会出错.,这里的编号与SYBYL中相同,可以在SYBYL中看一下原子序号)
生成grid parameter file(GPF):
mkgpf3 lig.pdbq 1wab.pdbqs
会生成1wab.gpf
生成dock parametr file(DPF):
mkdpf3 lig.pdbq 1wab.pdbqs
会生成lig.1wab.dpf
这两个文件可以修改后运行,当然也可以不改直接运行,因为我们是初学,就不改动了.
计算GRID MAP
autogrid3 -p 1wab.gpf -l 1wab.glg &
加个&是放到后台运行.
现在就可以autodock了:
autodock3 -p lig.1wab.dpf -l lig.1wab.dlg &
结束后,出现lig.1wab.dlg是一个LOG文件,里面会有10个配体构象.
提出里面的配体构象:
get-docked lig.1wab.dlg
会生成lig.1wab.dlg.pdb
这里面只有配体的构象,没有受体的.
其实也就够了,打开SYBYL,biopolymer>>read... lig.1wab.dlg.pdb
一次只能读入一个构象.这样反复10次,才能读入所有构象.
再FILE>>read...1wab.mol2
看看我们的结果怎么样.
这样可够麻烦的.
我们可以使用
pdbqtopdb 1wab.pdbqs>>lig.1wab.dlg.pdb
在RASMOL里可以直接看到10个配体与受体叠合的样子.
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