首先我会详细的介绍一下RNA原位杂交技术的一些理论知识，然后以小鼠胚胎的整体原位杂交技术为例详细的解说实验的一些步骤，因为RNA原位杂交技术在很多环节都需要自己摸索和优化条件，并且因为不同的材料和做不同的基因都有很大的不同，因此希望大家随时发贴，和大家一起讨论和学习！
RNA原位杂交技术( In situ hybridization, ISH)是分子生物学、组织化学及细胞学相结合而产生的一门新兴技术。1969 年美国耶鲁大学的Gall和Pardue首先用爪蟾核糖体基因探针与其卵母细胞杂交,将该基因进行定位,与此同时Buongiorno -Nardelli和Amaldi等相继利用同位素标记核酸探针进行了细胞或组织的基因定位,从而创造了原位杂交技术。
研究基因的表达模式是探索基因功能的重要环节之一。利用Northern 杂交可以说明特定基因在不同组织器官、不同时期的表达情况，但是若要在显微或亚显微水平对基因的时空表达模式进行研究。单靠Northern 杂交就显然不够了，而根据核酸分子杂交的基本原理和免疫组织化学的方法而发展起来的RNA原位杂交技术(in situ hybridization，ISH)为此提供了行之有效的解决途径。
RNA原位杂交经常被用于检测动物或植物组织中某种特定基因的mRNA的分布状况，以了解该基因的表达模式。RNA原位杂交主要是利用碱基互补原理，将体外合成的带有标记的单链反义mRNA与组织或细胞中特定基因的mRNA发生杂交，从而将反义探针定位在特定基因的表达区域内。
探针上所带的标记可分为2种，即非放射性的地高辛(DIG)和生物素(BIO)或带有放射性的同位素(32P)。带有放射性同位素的探针在杂交后可以直接通过放射白显影来确定该特定基因的表达区域；带有非放射性标记的探针还需通过酶促免疫显色或免疫荧光反应来定位特定基因的mRNA在组织或细胞中的分布位置。
以非放射性的DIG为标记的RNA原位杂交为例：当体外转录的反义mRNA探针与组织中的天然mRNA杂交后，带有碱性磷酸酶(AP)的抗DIG抗体特异性地结合探针上的DIG标记，从而将带AP的抗DIG抗体定位于特定基因的mRNA分布区域内：而后加入AP的无色底物，底物在AP的作用下变为有色沉淀沉积在相应区域，从而将看不见的信号转变为肉眼可见的。
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