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怎样在ＰＤＢ数据库中搜寻相同活性位点的蛋白质？

本主题由 pengyao0616 于 2008-7-17 12:44 提升

bangqing6

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1^# 大中小发表于 2008-3-10 21:33 只看该作者

怎样在ＰＤＢ数据库中搜寻相同活性位点的蛋白质？

如果我知道一个蛋白质的活性位点，如果我想知道有没有其他相同的蛋白质，怎样利用这些残基和周围的结构，怎样在建模，又怎样在ＰＤＢ中搜索，然后计算RMSD比较呢？

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pengyao0616 鸭币 +5 2008-3-12 00:10

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pengyao0616

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2^# 大中小发表于 2008-3-12 00:09 只看该作者

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应该是用blast进行蛋白比较分析吧

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bangqing6

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3^# 大中小发表于 2008-3-12 16:31 只看该作者

好像是不是建立模块啊

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sln

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4^# 大中小发表于 2008-3-14 21:38 只看该作者

这个问题如果解决了好像大部分蛋白质折叠的问题就解决了，我也想知道怎么解决。

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sln

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5^# 大中小发表于 2008-3-20 12:31 只看该作者

我去检索了一下这个问题很有意思有人做过：
1）
http://www.uni-marburg.de/fb12/d ... bs/2004/kupas04icba
2）
http://www.proteinscience.org/cgi/reprint/3/5/769.pdf
我想这些文章有些思考

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bangqing6

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6^# 大中小发表于 2008-3-20 15:45 只看该作者

谢谢sin
据说先构建3D模块，然后再用Perl语言进行收搜，请问有人做过类似的工作吗？

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rantingjing

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7^# 大中小发表于 2008-3-28 21:13 只看该作者

谢谢

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tuguoying

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8^# 大中小发表于 2008-4-27 22:34 只看该作者

关于sybyl中的对接模块FlexX

请大侠帮忙
我再用sybyl7.3的FlexX做对接时，提交作业后弹出两个对话框：
一个写的如下
FlexX was unable to create the active site file and/or theprotein
single_site.pdb
single_protein.pdb
另一个写的如下
Requested Cscore related files could not be built

而在testport中显示的提示是
Preparing CScore related files...
/bin/bash: csh: command not found

请问一下这是什么原因造成的？怎么修改？？？

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jolin31911